本表以LPSN网站的分类为基础（当前版本2007年3月29日），本分类代表原核生物分类的权威杂志IJSEM的分类系统，同时参考NCBI Taxonomy，但目前其它中文维基分类表可能依照其它标准，请注意其区别。中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。本表列到属级。后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。参见古细菌。
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