利比亚海军成立于1962年，2011年利比亚内战爆发，反穆阿迈尔·卡扎菲人士组建了利比亚国民解放军以推翻穆阿迈尔·卡扎菲的统治，2011年10月20日，穆阿迈尔·卡扎菲在苏尔特被击毙。2011年11月，以利比亚国民解放军为基础成立新的利比亚武装力量。利比亚海军遂成为利比亚国民军的分支而海军司令部位于首都的黎波里，目前的利比亚海军装备主要为接收卡扎菲时期的遗留。

参加了2012年至今的叙利亚内战。