南彦根站（日语：南彦根駅／みなみひこねえき  */?）是一由西日本旅客铁道（JR西日本）所经营铁路车站，位于日本滋贺县彦根市小泉町，是JR西日本琵琶湖线（本身是东海道本线的一部分）沿线车站之一，隶属于JR西日本京都支社的管辖范围，但委托由JR西日本交通服务（ジェイアール西日本交通サービス）代为经营，是个业务委托车站。

对向式月台2面2线的地面车站，设有跨站式站房。

根据“滋贺县统计书”，1日平均上车人次如下表。